Sarana angkutan laut yang ada di Kabupaten Paser hanya untuk melayani angkutan barang, sedangkan angkutan penumpang reguler tidak tersedia. Di Kabupaten Paser terdapat 6 buah pelabuhan laut yang berada dibawah administrasi Kantor Pelabuhan Tanah Grogot, antara lain: Pelabuhan Pondong, Pelabuhan Sei. Kandilo, Pelabuhan Teluk Apar, Pelabuhan PTP. XIII Tanah Merah, Pelabuhan PT. Kideco Tanah Merah dan Pelabuhan Sei Lombok.
Arus kapal barang melalui pelabuhan-pelabuhan tersebut relatif padat, sepanjang tahun 2006 jumlah kapal yang tiba tercatat sebanyak 1.633 kapal sedang pada tahun 2007/2008 naik menjadi 2.281 kapal atau naik sebesar 39.68 persen, dan kapal yang berangkat naik sebesar 35.80 persen. Dari enam pelabuhan di Kabupaten Paser, jumlah barang yang dibongkar pada tahun 2007/2008 sebanyak 198.813.73 Ton/M3 sedang yang dimuat sebanyak 22.217.102.62 Ton/M3.